农村宅基地纠纷，应该向那里部门投诉，原则上属于一般的民事纠纷，可以找以下部门依法处理：一、村委会或镇、乡政府，或者县政府土地管理部门调解处理;二、可以找土地管理部门进行确权申请;三、可以向法院提起诉讼;四、其他部门。下面是对不同案件的处理：
原则上属于一般的民事纠纷，可以找以下部门依法处理：
一、村委会或镇、乡政府，或者县政府土地管理部门调解处理;
二、可以找土地管理部门进行确权申请;
三、可以向法院提起诉讼;
四、其他部门。
下面是对不同案件的处理：
一、土地管理部门违法审批引起的宅基地纠纷案件
因土地管理部门审批宅基地，侵犯了相邻关系人合法权益而引起的诉讼，人民法院应以行政案件立案审理。法院主要审查土地管理部门在作出审批宅基地手续这一具体行政行为过程中，是否有超越职权、滥用职权、违反法定程序的行为。因而，土地管理部门从实体处理到审批程序各个环节中，只要有违法的情形存在，人民法院就应撤销宅基地使用执照或责令土地管理部门重新作出审批。
对于土地管理部门审批的宅基地属他人承包地、自留地，侵犯第三人土地承包经营权引起的纠纷，人民法院受案后，主要审查申请人是否符合《土地管理法》第六十二条规定的条件，所审批的宅基地是否在法律规定范围内，有无按《土地管理法》第四十四条规定办理农用地转用审批手续、有无考虑土地承包权三十年不变的规定等具体情况，作出撤销或者维持审批文件的判决。
未经土地管理部门审批或者采取欺骗手段骗取建房手续用地建房，侵犯了集体或相邻关系人利益引发的纠纷。
对于能够确认村民建房未经审批或采取欺骗手段骗取建房手续的非法用地建房，并且侵犯了相邻关系人合法权益，如影响邻人房屋通风、采光、通行等情况的，人民法院既可以作出排除妨碍、限期拆除违法建筑物的民事判决，也可以中止诉讼，建议土地管理部门作出限期拆除违法建筑物、退出土地的处罚决定。人民法院在审理非法建筑物买卖、确权等涉及宅基地使用权纠纷案件时，应注意只能裁决建筑材料的所有权，不宜明确非法建筑物的所有权归属。
二、争占宅基地以外的集体空闲地引发的纠纷案件
村民争占除宅基地以外的集体空闲地的目的是为了多占地皮、扩大墙院、堆放杂物等。对这类纠纷，人民法院应当告知到当地人民政府申请解决，不服政府处理决定的则可向法院起诉的，法院应以行政案件受理。土地为村集体经济组织所有的也可以直接向人民法院起诉，可要求占地者退出土地、排除妨碍，法院则应以民事案件受理，对当事人因争占空闲土地引起的财产损害赔偿案件，人民法院应根据具体案情处理。
三、建房户私下调换宅基地引发的纠纷案件
村民根据各自利益的需要，私下调换宅基地引发纠纷的，人民法院在审理此类案件时不仅要指出双方行为的违法性，同时可以建议土地管理部门依法吊销建房手续，收回宅基地。如果一方或双方已盖好房屋，为避免造成不必要的损失，可以在征得土地管理部门同意后，责令双方变更宅基地登记。
四、用地建房影响相邻关系人利益引发的纠纷案件
不适当使用宅基地而影响相邻关系的，如在同一规划线上，后盖的房屋宅基地基垫比先盖的房屋宅基地高一些，造成雨水和生活用水向邻人宅基地流淌，或后盖的房屋和设施影响相邻人房屋通风、采光、滴水、危及他人房屋安全，或在不适当地点建造厕所影响环境卫生、或擅自堵塞通道、截断自然水流等情况引发的纠纷，人民法院应本着依法、合理的精神妥善予以处理，确实给邻人造成损害的，应责令排除妨碍、消除危险、恢复原状或赔偿损失。
原则上属于一般的民事纠纷，可以找以下部门依法处理：
一、村委会或镇、乡政府，或者县政府土地管理部门调解处理;
二、可以找土地管理部门进行确权申请;
三、可以向法院提起诉讼;
四、其他部门。
下面是对不同案件的处理：
一、土地管理部门违法审批引起的宅基地纠纷案件
因土地管理部门审批宅基地，侵犯了相邻关系人合法权益而引起的诉讼，人民法院应以行政案件立案审理。法院主要审查土地管理部门在作出审批宅基地手续这一具体行政行为过程中，是否有超越职权、滥用职权、违反法定程序的行为。因而，土地管理部门从实体处理到审批程序各个环节中，只要有违法的情形存在，人民法院就应撤销宅基地使用执照或责令土地管理部门重新作出审批。
对于土地管理部门审批的宅基地属他人承包地、自留地，侵犯第三人土地承包经营权引起的纠纷，人民法院受案后，主要审查申请人是否符合《土地管理法》第六十二条规定的条件，所审批的宅基地是否在法律规定范围内，有无按《土地管理法》第四十四条规定办理农用地转用审批手续、有无考虑土地承包权三十年不变的规定等具体情况，作出撤销或者维持审批文件的判决。
未经土地管理部门审批或者采取欺骗手段骗取建房手续用地建房，侵犯了集体或相邻关系人利益引发的纠纷。
对于能够确认村民建房未经审批或采取欺骗手段骗取建房手续的非法用地建房，并且侵犯了相邻关系人合法权益，如影响邻人房屋通风、采光、通行等情况的，人民法院既可以作出排除妨碍、限期拆除违法建筑物的民事判决，也可以中止诉讼，建议土地管理部门作出限期拆除违法建筑物、退出土地的处罚决定。人民法院在审理非法建筑物买卖、确权等涉及宅基地使用权纠纷案件时，应注意只能裁决建筑材料的所有权，不宜明确非法建筑物的所有权归属。
二、争占宅基地以外的集体空闲地引发的纠纷案件
村民争占除宅基地以外的集体空闲地的目的是为了多占地皮、扩大墙院、堆放杂物等。对这类纠纷，人民法院应当告知到当地人民政府申请解决，不服政府处理决定的则可向法院起诉的，法院应以行政案件受理。土地为村集体经济组织所有的也可以直接向人民法院起诉，可要求占地者退出土地、排除妨碍，法院则应以民事案件受理，对当事人因争占空闲土地引起的财产损害赔偿案件，人民法院应根据具体案情处理。
三、建房户私下调换宅基地引发的纠纷案件
村民根据各自利益的需要，私下调换宅基地引发纠纷的，人民法院在审理此类案件时不仅要指出双方行为的违法性，同时可以建议土地管理部门依法吊销建房手续，收回宅基地。如果一方或双方已盖好房屋，为避免造成不必要的损失，可以在征得土地管理部门同意后，责令双方变更宅基地登记。
四、用地建房影响相邻关系人利益引发的纠纷案件
不适当使用宅基地而影响相邻关系的，如在同一规划线上，后盖的房屋宅基地基垫比先盖的房屋宅基地高一些，造成雨水和生活用水向邻人宅基地流淌，或后盖的房屋和设施影响相邻人房屋通风、采光、滴水、危及他人房屋安全，或在不适当地点建造厕所影响环境卫生、或擅自堵塞通道、截断自然水流等情况引发的纠纷，人民法院应本着依法、合理的精神妥善予以处理，确实给邻人造成损害的，应责令排除妨碍、消除危险、恢复原状或赔偿损失。
法律分析：农村宅基地纠纷属于民事案件，低地方政府不处理或者处理不了，可以直接向法院上诉。
法律依据：《中华人民共和国人民法院组织法》
第三条 人民法院的任务是审判刑事案件和民事案件，并且通过审判活动，惩办一切犯罪分子，解决民事纠纷，以保卫无产阶级专政制度，维护社会主义法制和社会秩序，保护社会主义的全民所有的财产、劳动群众集体所有的财产，保护公民私人所有的合法财产，保护公民的人身权利、民主权利和其他权利，保障国家的社会主义革命和社会主义建设事业的顺利进行。人民法院用它的全部活动教育公民忠于社会主义祖国，自觉地遵守宪法和法律。
第四条 人民法院依照法律规定独立行使审判权，不受行政机关、社会团体和个人的干涉。
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内容审核：邓海凤律师
来源：中国法院网-农村宅基地纠纷，应该向那里部门投诉，
