当前，全国农村农业产业升级、城乡一体化发展进程不断加快。国家以及下级政府在农村集体土地的规划调整、征收以及房屋拆迁等过程中产生了不少问题，尤其是当地政府及其土地管理部门在对农村集体土地开展征收与补偿时的很多不合法、不合理行政行为，引发了大量的行政纠纷，对农民切身利益产生了较大影响。
我国土地管理法及其实施条例自发布以来进行了数次修改，其中对于不同层级政府的征地审批权限作了几次调整，在这些调整的过渡阶段会产生执法不统一的问题。为推动地方经济发展，各地政府在土地管理法的框架下，通常都会出台各种试点性和临时性的政策，包括征地权限、征地程序、补偿标准等。这些政策措施往往为追求效率因而较为灵活，有些是当时法律没有规定的，有些甚至与法律规定不符。在试行一段时间后觉得效果不理想或者为适应新的法律往往又加以改变。具体在办案过程中，经常会出现同一片区土地征收补偿价格不一致，“多闹多得，少闹少得”情况明显，建议各政府部门在进行征收工作前，定期举办听证会，积极做好群众意见反馈，在补偿标准中做到“一把尺丈量”，照顾现实情况，平衡各方当事人的利益。
征收补偿标准和补偿方式方式设置的不合理，补偿款或安置房屋发放不及时、条件不到位是纠纷频发的一个重要原因。《土地管理法》对征收补偿标准及方式作出了原则性的规定，但有的地方政府为了节约征地成本，确定的补偿标准远远低于被征收人的预期，且单一、有限的货币补偿方式未能体现土地的实际价值，也不足以弥补被征地农民的其他损失。而且，由村集体组织统一发放补偿款的模式容易造成补偿款发放不透明、不及时，农民在交出土地、迁出房屋后，补偿款又未足额到位、安置地点或安置房屋迟迟无法落实，导致被征收人的权益无法得到充分的保障，进而激化矛盾，造成对政府不信任，产生纠纷。另外，还有些政府在与老百姓签订安置补偿协议的时候夸下海口，结果安置房屋无论是地段、配套设施甚至是房屋的基础条件都与承诺时相去甚远。
《土地管理法》规定了土地及房屋的征收程序，但目前行政机关征地程序违法的情况仍屡见不鲜。一是征地公告发布不规范，如公告方式不透明、公告内容不完整，剥夺了被征地村民的知情权；二是不依法举行听证。被征用土地的村集体对征用土地补偿、安置方案有不同意见时有权要求进行听证。但在实践中，征地机关为简化程序，减少麻烦，不告知、不愿意听证的现象仍然存在；三是有的地方政府在与土地使用权人达不成补偿安置协议时，通常会未经程序将其认定为违建或者是危房进而进行拆除工作。导致很多老百姓莫名其妙，住的好好的房子怎么就成了违建或危房呢，进一步加大了与政府间的矛盾。
